分子蒸餾是一種特殊的液體分離技術，它不同于傳統的基于沸點差分離原理的蒸餾，而是基于不同物質分子運動平均自由程的差異來實現分離。分子蒸餾是一種在高真空下操作的蒸餾方法。蒸氣分子的平均自由程大于蒸發面與冷凝面之間的距離，因此可利用料液中各組分蒸發速率的差異來分離混合液。
傳統蒸餾是依靠不同物質沸點的差異進行分離，因此很難分離出某些在沸點溫度下容易氧化、分解或聚合的物質。
分子蒸餾的分離功能是利用液體分子在受熱時從液面逸出，不同類型分子逸出后的平均運動自由程不同，進行物質分離。
混合液體沿加熱板流下。加熱后，輕分子和重分子都逃逸到氣相中。由于輕分子和重分子的自由程不同，輕分子的自由程大，可以到達板式聚光器，冷凝后沿著聚光器的板向下走。流動時，重分子的自由程小，不能到達凝結面而飽和于氣相，又回到液相，沿加熱板向下流動，從而形成輕重分子的分裂分離。
分子蒸餾具有操作真空度高、加熱溫度低、加熱時間短、分離度高等特點，特別適用于高沸點、熱敏性和易氧化物質的分離。
與傳統蒸餾相比，分子蒸餾具有明顯的技術經濟優勢：
1、產品質量高。由于分子蒸餾的操作溫度低、加熱時間短，可以獲得純度高、原始質量好的產品，這對天然物質尤為重要。
2、產品成本低。由于分子蒸餾分離效率高，產品收率高，可大大降低生產成本。
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